Ως προς τους ναύλους που ορίζει η σχετική απόφαση διαμορφώνονται σε διαφορετικό ύψος ανάλογα με την περίοδο εκτέλεσής του, ως εξής:
Αθήνα – Σκιάθος και Αθήνα – Ικαρία (από 60 έως 75 ευρώ), Αθήνα – Σύρος (από 55 έως 70 ευρώ), Αθήνα – Λέρος και Αθήνα – Αστυπάλαια (από 65 έως 80 ευρώ), Αθήνα – Κάλυμνος (από 70 έως 90 ευρώ), Θεσσαλονίκη – Χίος (από 70 έως 85 ευρώ), Αθήνα – Σκύρος (από 50 έως 65 ευρώ), Θεσσαλονίκη – Σάμος (από 80 έως 95 ευρώ), Θεσσαλονίκη – Καλαμάτα (από 85 έως 100 ευρώ), Ρόδος – Κάσος (από 45 έως 60 ευρώ), Ρόδος – Κάρπαθος (από 40 έως 55 ευρώ), Κάρπαθος – Κάσος (από 35 έως 45 ευρώ) και Ρόδος – Καστελόριζο (από 40 έως 55 ευρώ). Τα παραπάνω ποσά αντιστοιχούν στον καθαρό ναύλο του εισιτηρίου και όχι στην τελική τιμή για τον επιβάτη που περιλαμβάνει τέλη και φόρους.
Ως χαμηλή περίοδος ορίζεται η χειμερινή περίοδος ΙΑΤΑ.
Ως μέση περίοδος ορίζεται από την έναρξη της θερινής περιόδου ΙΑΤΑ, ο Απρίλιος, ο Μάιος και ο Οκτώβριος, έως τη λήξη της θερινής περιόδου ΙΑΤΑ. Ως υψηλή θερινή περίοδος ορίζονται οι μήνες Ιούνιος, Ιούλιος, Αύγουστος, Σεπτέμβριος.
Σε περίπτωση που τα διατιθέμενα αεροσκάφη δεν διαθέτουν την απαιτούμενη χωρητικότητα για την κάλυψη του ελάχιστου αριθμού προσφερόμενων θέσεων εβδομαδιαίως οι συχνότητες πτήσεων μπορούν να αυξηθούν αναλόγως. Σε περίπτωση που οι πτήσεις δεν εκτελεσθούν λόγω μετεωρολογικών συνθηκών, θα πρέπει να εκτελούνται κατά τις αμέσως επόμενες ημέρες, κατά τρόπο ώστε να ικανοποιείται η εβδομαδιαία ζήτηση, λαμβάνοντας υπόψη τις ελάχιστες εβδομαδιαίως προσφερόμενες θέσεις. Σε περίπτωση μη αναπλήρωσης της πτήσης που δεν εκτελέστηκε λόγω μετεωρολογικών συνθηκών ο αερομεταφορέας θα καταβάλει στην ΥΠΑ ποσό 10.000 ευρώ.
Η απόφαση του υπουργείου Μεταφορών προβλέπει ότι κατά την εκτέλεση των δρομολογίων παροχής δημόσιας υπηρεσίας δεν επιτρέπεται η προσθήκη άλλων ενδιάμεσων σταθμών. Όσον αφορά στα ωράρια και στις μέρες εκτέλεσης των δρομολογίων οι αφίξεις /αναχωρήσεις των δρομολογίων προς/από τα αεροδρόμια μη εικοσιτετραώρου λειτουργίας θα πρέπει να πραγματοποιούνται πριν από τις 18:30 κατά την χειμερινή περίοδο ΙΑΤΑ και πριν από τις 21:00 κατά τη θερινή περίοδο. Τα δρομολόγια της Παρασκευής και Κυριακής θα πρέπει να πραγματοποιούνται απογευματινές ώρες. Στις περιπτώσεις εκτέλεσης 2 ή 3 εβδομαδιαίων δρομολογίων, αυτά δεν πρέπει να εκτελούνται σε συνεχόμενες ημέρες της εβδομάδας.
